1.  AviUtlを起動し、設定⇒拡張編集の設定　新たなウインドウが開く

2.   Layer 1で右クリック⇒新規プロジェクトの作成

3.  以下のように設定し、OKを押す

※条件によっては、フレームレートを59.99fpsにする

4.  Layer 1で右クリック⇒メディアオブジェクトの追加⇒動画ファイル
新たなウインドウが開く

5.  参照ファイルでパート１の「*.tpr」を選択

6.  動画を所定の位置に移動させる
（破線内をドラッグしながら移動させることもできる）

7.   4.〜6.での作業をLayer 2以降で行い、残りのパート分を追加する

8.   Layer 9で右クリック⇒メディアオブジェクトの追加⇒音声ファイル
新たなウインドウが開く

9.  参照ファイルで音声ファイルを選択

10.  各バーの左端を揃える
終了位置でを押す

11.  ファイル⇒プラグイン出力⇒拡張
×264 出力（GUI）、mp4を作成

なお、mp4作成にあたっては、コチラを参照

Tips

色調補正、クリッピング（型抜き）、エッジ強調などができるので試してみては？